二周目主线剧情

二周目中主线流程基本不变，但部分剧情和过场动画会发生变化，且难度有所提升。

新要素解锁

Z水晶

通关一周目后，与日月岩对话可获得专属Z水晶，并解锁全新的Z招式，增强队伍实力。

究极洞窟

在美乐美乐岛解锁究极洞窟，内含大量传说和幻兽宝可梦，挑战难度极高。

四天王

四天王在二周目中大幅度提升，拥有更高等级和更强的宝可梦，挑战难度大幅上升。

其他新增

岛屿女王

在二周目中，完成岛屿女王的试炼后，可挑战岛屿女王，她们拥有强大的实力和独特的宝可梦。

对战树

在波尼岛西侧解锁对战树，连续击败对战树中的训练师，可获得丰厚奖励，考验玩家的队伍实力。

通信对战

二周目中可与其他玩家进行通信对战，交流队伍配置和对战技巧，提升玩家对战水平。